La Red de Profesores de Derecho Financiero y Tributario se rige por un sistema asambleario donde la Asamblea General es la última responsable de las decisiones de la asociación.
Para el funcionamiento diario, dispone además de otros dos órganos:
- El Consejo de Dirección: Es el órgano de representación de la RPDFT y está integrados por quienes ostenten la Presidencia, la Vicepresidencia y la Secretaría General de la Asociación.
- El Consejo Asesor: Está compuesto por los asociados promotores y aquellos que hayan ejercicio previamente los cargos de Presidente, Vicepresidente o Secretario General.